Vùng Caribe có 29% tổng lượng rạn san hô trên thế giới với diện tích 50.000 km², phần lớn tập trung ở vùng ven đảo và duyên hải Trung Mỹ.[11] Tương lai rạn san hô Caribe bị đe dọa bởi nhiệt độ nước biển ấm hơn bình thường. Rạn là môi trường nuôi dưỡng nhiều loại sinh vật nhưng hệ sinh thái này mong manh, dễ bị dao động. Khi nhiệt độ nước biển ấm hơn 29 °C dài lâu thì vi thực vật zooxanthellae không sống được. Các loài san hô lệ thuộc vào chúng làm nguồn dinh dưỡng từ đó cũng mất sắc màu, yếu đi và chết dần. Hậu quả là hệ sinh thái rạn bị hủy hoại. Có đến 42% các nhóm san hô vùng Caribe đã bạc trắng hoàn toàn và 95% đã bị bạc màu ít nhiều.[12] Môi trường cấu tạo bởi rạn là tối yếu cho các sinh hoạt du lịch như câu cá, bơi lặn với giá trị kinh tế khoảng $3,1-$4,6 tỷ Mỹ kim cho các quốc gia trong vùng. Nếu rạn san hô tiếp tục bị hủy hoại theo đà hiện thấy thì kinh tế vùng Caribe cũng sẽ bị thiệt hại không nhỏ.[13]

Để đối phó với nguy cơ này 15 quốc gia trong vùng đã thông qua Protocol of the Convention for the Protection and Development of the Marine Environment of the Wider Caribbean Region để bảo vệ các sinh vật hải dương kể từ năm 1986.[14] Các tổ chức thiện nguyện dân sự như Caribbean Conservation Corporation cũng góp phần bảo vệ và nghiên cứu các sinh vật biển và giáo dục người dân về nỗ lực bảo tồn.[15]